หากมองประวัติศาสตร์ไม่ว่าชาติใด คงยากที่จะไม่เห็นบทบาทของศาสนาที่อยู่คู่กับการศึกษา เพราะอย่างน้อยที่สุดศาสนาก็เป็นสถาบันแรกๆ ที่อุปถัมภ์ผู้ที่ขาดทุนทรัพย์ในการศึกษาเล่าเรียน ยิ่งเมื่อเงื่อนไขทางสังคมเปลี่ยนแปลงไปในลักษณะที่ต้องการความเชี่ยวชาญเฉพาะด้านมากขึ้นเรื่อยๆ การศึกษาก็ได้กลายเป็นเครื่องมือในการพัฒนาคุณภาพชีวิต เพื่อนำพาตัวเองและคนในครอบครัวหลุดออกจากฐานะยากจน ในแง่นี้ ศาสนาจึงยังไม่เป็นปัญหา เพราะได้ช่วยเหลือผู้คนไว้จำนวนมาก
ทว่าเมื่อรัฐปรับบทบาทเข้ามาเป็นผู้อุปถัมภ์การศึกษาผ่านการสร้างสถาบันการศึกษาของตัวเอง ไม่ว่าจะทั้งโรงเรียนหรือวิทยาลัยอาชีพ การมีศาสนาในระบบการศึกษาก็ดูจะเป็นปัญหามากขึ้นเรื่อยๆ เพราะผู้เรียนไม่ได้เข้ารับการศึกษากับนักบวชประจำศาสนาตนอีกต่อไป แต่กลับต้องเข้าเรียนในสถานศึกษาที่นับถือศาสนาไม่ตรงกับตน เช่น ตนนับถือศาสนาพุทธ แต่กลับต้องเข้าเรียนในโรงเรียนของชาวคริสเตียน หรือตนนับถือศาสนาอิสลาม แต่กลับต้องเรียนในโรงเรียนที่คนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ เป็นต้น
ปัญหาที่ตามมาคือ เด็กนักเรียนเกิดความรู้สึกแปลกแยก ไม่เข้าพวก หรือซ้ำร้าย อาจถูกคนในโรงเรียนล้อเลียนกลั่นแกล้ง
ปัญหาเรื่องศาสนาในโรงเรียนไม่ใช่เพียงแค่ในแง่ของสถานที่ แต่ยังอาจเป็นปัญหาในแง่เงื่อนไขเวลา เช่น การเปลี่ยนรุ่น (generation) ของประชากรทั้งในระดับนักเรียนและผู้ปกครอง ซึ่งส่งผลต่อมุมมองทางศาสนา
ด้วยเหตุนี้ โจทย์สำคัญที่โรงเรียนในยุคสมัยปัจจุบันจำเป็นต้องแก้ คือจะมีแนวปฏิบัติอย่างไรให้สามารถรองรับความหลากหลายทางศาสนา และไม่ทำให้โรงเรียนกลายเป็นสถานที่ซึ่งบังคับให้ต้องมีความเชื่อทางศาสนาแบบใดแบบหนึ่ง
ทางออกของปัญหานี้อาจแบ่งได้อย่างน้อย 2 ระดับ คือ
1. ในภาพใหญ่ โรงเรียนจะต้องวางตัวเป็นกลางทางศาสนา (religiously neutral) มีฐานวางอยู่บนความคิดที่เป็นทางโลก (secular) และเป็นวัตถุวิสัย (objective)
ความเป็นกลางทางศาสนา หมายถึง การเรียนการสอนเกี่ยวกับศาสนาอาจยังมีได้ แต่จะต้องไม่ใช่การเผยแพร่หรือส่งเสริมศาสนาใดศาสนาหนึ่ง ตลอดจนต้องเคารพความเชื่อทางศาสนาของผู้เรียน ไม่ไปบังคับหรือชักจูงให้เขาเปลี่ยนความเชื่อทางศาสนา
การมีฐานความคิดที่เป็นทางโลก หมายถึง จะต้องไม่มีการกำหนดศาสนาใดๆ เป็นศาสนาประจำโรงเรียน เพราะนั่นจะทำให้กิจกรรมในโรงเรียนหมุนเวียนไปตามศาสนานั้นๆ เช่น มีการประกอบพิธีกรรมตามแบบที่ศาสนากำหนด ซึ่งจะทำให้นักเรียนที่มีศาสนาไม่ตรงกับเด็กส่วนใหญ่ในโรงเรียน หรือกระทั่งไม่มีศาสนา เกิดความรู้สึกแปลกแยกจากเพื่อนๆ และยังอาจเป็นปัจจัยที่นำไปสู่การถูกกลั่นแกล้งรังแกได้อีกด้วย
ส่วนการเป็นวัตถุวิสัย หมายถึง การเรียนการสอนเรื่องศาสนาจะต้องดำเนินไปด้วยความรู้ และข้อมูลที่ครบถ้วน เป็นกลาง ไม่ใช่การสอนที่เป็นไปในทางว่ากล่าวให้ร้ายศาสนา เพราะนั่นจะเป็นทั้งการแสดงและบ่มเพาะอคติทางศาสนาให้เกิดขึ้นในโรงเรียน
2. ในภาพรองลงมา ในระดับนี้จะสืบเนื่องมาจากภาพในระดับใหญ่ที่ได้ว่าไป โดยจะเป็นเรื่องของบุคลากรในโรงเรียน โดยเฉพาะครูผู้สอนที่จะต้องระมัดระวังการสอน ตลอดจนถึงระมัดระวังท่าทีที่ตนแสดงออกต่อศาสนาของนักเรียน เพราะแม้บทเรียนเกี่ยวกับศาสนาอาจจะมีได้ แต่ก็จำเป็นต้องมีความระมัดระวังผลร้ายที่อาจเกิดขึ้นด้วย เช่น ครูจะต้องไม่ว่าร้ายให้กับศาสนาใดศาสนาหนึ่ง และห้ามบีบบังคับให้เด็กนักเรียนต้องออกมาอธิบายศาสนาของตัวเอง เพราะจะเป็นการบ่งบอกว่า ศาสนาของนักเรียนคนนั้นๆ มีความแปลกประหลาดเกินกว่าที่ครูจะเข้าใจและอธิบายได้ เพราะเด็กอาจจะยังมีข้อมูลที่ไม่แม่นยำมากพอจะอธิบายได้ ซ้ำร้ายยังอาจทำให้เพื่อนมองว่าเด็กคนนั้นเป็นสิ่งประหลาด ซึ่งยังทำให้ตัวเด็กเองรู้สึกแปลกแยกกับเพื่อนๆ อีกด้วย
