ที่ผ่านมาประเทศไทยมีงบประมาณช่วยเหลือนักเรียนยากจน เรียกว่าเงินอุดหนุนปัจจัยพื้นฐานสำหรับนักเรียนยากจนในสถานศึกษาสังกัด สพฐ. และองค์การปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.) ซึ่งเป็นการจัดสรรความช่วยเหลือแบบเท่ากันทุกคน (equality-based funding) แต่ในความ เป็นจริงนักเรียนแต่ละคนมีปัญหาและความต้องการที่แตกต่างกัน การช่วยเหลือลักษณะนี้จึงอาจยังไม่ตรงจุด ทำให้ไม่สามารถแก้ปัญหาความเหลื่อมล้ำทางการศึกษาได้
จากปัญหาดังกล่าว กสศ. ร่วมมือกับ สพฐ. และมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้พัฒนางานวิจัยบัญชีรายจ่ายด้านการศึกษาไทย จนได้ข้อเสนอเชิงนโยบาย “การปฏิรูปการจัดสรรงบประมาณเพื่อความเสมอภาคทางการศึกษา” (Equity-based Budgeting) เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการจัดสรรงบประมาณให้เป็นไปตามอุปสงค์ (Demandside Financing) ตรงตามความต้องการของนักเรียนเป็นรายบุคคล สอดคล้องกับสภาพความเป็นจริงในบริบทพื้นที่ซึ่งแตกต่างกัน เพื่อแบ่งเบาภาระค่าใช้จ่ายด้านการศึกษาและบรรเทาอุปสรรคการมาเรียน
ข้อเสนอเชิงนโยบายนี้นำไปสู่โครงการเงินอุดหนุนช่วยเหลือนักเรียนยากจนพิเศษอย่างมีเงื่อนไขปีการศึกษา 2561 (conditional cash transfer – CCT) ของโรงเรียนสังกัด สพฐ. ถือเป็นมิติใหม่ในการจัดสรรเงินอุดหนุนที่มีความเป็นธรรมยิ่งขึ้นตามหลักความเสมอภาคที่สอดคล้องกับหลักการและเจตนารมณ์ของรัฐธรรมนูญในการจัดตั้ง กสศ.